随后两年，他开始深入研究圣经，写了3000页未曾发表的注释，并为以后的写作建立了详细的圣经索引，还完善了希伯来文和希腊文知识，以便回到圣经原文。事实上，他还重新翻译了新旧约许多经卷。
1749年，他正式出版第一部神学大作《天堂的奥秘》。从此，天启源源不断地从他的笔端流出。通常情况下，他匿名发表著作，为出版投入大量资金，并将书籍匿名赠送给神职人员、大学及图书馆。
从1744年左右灵魂开始觉醒，到1749年第一本神学著作面世，其间的经历不是一帆风顺的。虽然他已开始研究圣经，但其中的深意并不是一次向他敞开的。事实上，他对创世记前后做过三次注释。
第一次的成果是1745年秋完成的一篇论文，题为《摩西所讲述的创世记》，所关注的只是圣经的字面含义与他所构想的宇宙全景的关系。第二次的成果是1747年2月所完成的《破解圣经》，将创世记的故事应用于犹太民族，认为从“内在历史意义”上说，它是描述犹太教会的历史并基督再临的预言。
第三次的成果即《天堂的奥秘》，逐节解释了创世记和出埃及记的内在“灵义”，指出从灵义上说，创世记的故事是描述天堂在人心里降临的过程，也就是人灵性重生的过程，故称之为“天堂的奥秘”。
从《梦日记》我们看到了他灵性不断重生的过程，从《灵界日记》我们看到了他在灵界漫游的经历。随着灵性的重生和灵界经历的扩展，史威登堡对圣言的灵义逐渐有了清晰的认识，《破解圣经》是他终于有资格解释圣言的一个过渡。
写这本书的时候，他已能看见圣言的灵义，只是比较模糊，仿佛是“透过屏幕”观看。“这些字我还不是很明白。” “这句话的意思还不明朗。” “这些字我不明白，只好略过；我从未如此不安和困惑。”
他原打算出版这本著作。他在书中再三提到“当出版的时候”。当中的灵界经历他却没有打算出版，那些段落都是以缩进的格式记录的。他估计这本著作不会受到学术界的欢迎——“当他们的理论受到了驳斥，他们一定会愤愤不平”。他估计，“一旦这些人听说通往天堂的路是在人心里，而不在人的感官”，他们一定会斥其为无稽之谈。
但是对史威登堡本人来说，他的灵界经历是确切无疑的——“基督亲自将我引入灵界，当我写这些东西的时候也未曾间断。我郑重声明这些都是事实，免得人们将我的陈述视为无稽之谈”。（《破解圣经》2162，475）
史威登堡已开始自由出入灵界，他身边的朋友是否注意到他的变化，甚至怀疑他精神错乱了呢？1746年1月他写道：“与灵人开始交往以来，我在本国与朋友相处有五个月的时间。我和从前一样与他们来往，谁也不曾注意到我与天堂的交流。在人群当中，我有时也与灵人说话……这些时候，他们只是认为我走神了而已。”（《破解圣经》943，1003，3347）
1747年春，皇家矿务局理事长退休了，局内成员一致推荐史威登堡接替理事长的职位。但史威登堡有他个人的打算。他给国王写信，希望由其它成员接替理事长的职位，因为他有必要再次旅行国外，以便完成手头的著作，愿国王能批准他留半薪退休。
国王准了他的申请，因他相信史威登堡的新作必能像从前一样为瑞典的福祉做贡献。当矿物局的委员听说国王批准了他退休的申请时，都为失去这样一位劳苦功高的同仁感到遗憾，并希望他继续参加矿务局的会议，直到由他经手的事务全部落实。对此，史威登堡欣然表示同意。此后，他继续参加了五次会议。
1747年6月17日，史威登堡第六次旅行前夕，他向矿务局的同仁辞行，感谢他们多年来对他工作的支持和关怀，希望他们的友情能永远常新。矿务局也感谢史威登堡在工作上始终尽职尽责，并祝他一路顺风，平安归来。
当史威登堡到达荷兰以后，他的计划却突然改变了，著作并没有发表。他改变主意的原因，很可能是当他到达荷兰以后，灵性经历了一次明显的提升。
1747年8月7日他写道：“我的内在状态发生了变化，在异象中被提到了属天的国。”经历灵性提升以后，史威登堡对圣言的灵义有了更深入的认识，发现以前所作的解释是不完全的。1747年12月，他开始写《天堂的奥秘》，1748年6月完成首卷。
1748年秋，史威登堡离开荷兰，前往伦敦出版他的新作。翌年夏天，《天堂的奥秘》首卷在伦敦面世。六百四十页四开本的著作只售六先令，这在当时是非常低的价格。出版商在广告中说：“著作以非常隆重而精美的方式印刷，而慷慨的作者却不折不扣地要求只售这个价钱，因为为开创他的崇高事业，他既不缺乏资金，也不缺乏精力。”
史威登堡生平（九）：获得天启
自史威登堡正式出版著作以后，对于圣言的灵义，他不再有任何疑惑，而是有相当的信心和把握。他的著作中不再有模糊或困惑的语气，相反，直接、清晰、肯定、权威的口吻贯彻始终，随处可见。
“我从各种异境异象或是与灵人天使交谈所获得的知识全都源自主……所以我不是从任何灵人或天使，而是从主获得指教；祂是一切真理和良善的源头。”（《灵界日记》1647）
“我得以看见天上的光，从这光我能清楚分辨哪些是出于主，哪些是出于天使。出于主的已被记下，出于天使的不然。”（《详解启示录》1183）
“我与灵人并天使交往已有数年。对于圣言或圣言的灵义，灵人从来不敢，天使也从来不求告诉我任何东西，更别说指教我。唯独主指教我，显现于我，启示我。”（《圣命》135）
“众所周知，《启示录》唯有主才能解开，因为《启示录》只言片语之间蕴藏了非特别启示所不能揭晓的奥秘。故此，主乐于开启我灵魂的眼睛，指教于我。既是如此，别以为本书有任何内容是出于我个人或任何天使，实在都来自主。主曾藉天使对约翰说：不要封了这书上的预言，表示这些预言将来都要解明。”（《破解启示录》前言）
“我实实在在地说，主向我他的仆人显现，授予我这职分，又开我灵魂的眼睛，将我引入灵界，让我亲眼目睹天堂地狱的景象，与天使灵人交往，迄今已有多年，未曾间断；从蒙召那天开始，我没有从任何天使领受新教会的教义，全部是我阅读圣言时单单从主领受的。”（《正信的基督教》779）
史威登堡得知，大体而言，启示可分两种。一种由内而来，一种从外而来。史威登堡所得的启示源自直觉，因为他的灵性已得重生，与神的连接已无障碍。因此，他能自由接受神的圣灵，神的启示能透过他自由流出。拥有这种直觉的人无需凭理性分辨，因为他本能地认识真理。
“启示要么源自主藉天使说话，要么源自直觉。我们当知，处于良善因而明白真理的人，特别是虔诚爱主的人，由直觉获得启示。非处于良善因而不明白真理的人虽然也能获得启示，却不是出于直觉，而是通过主藉天使说话。后者是外在的，前者是内在的。天使，特别是属天的天使，由直觉获得启示。上古教会并部分古教会的人也是如此。”
“时至今日，由直觉获得启示的人很少。但有许多人从声音得到启示。非处于良善的人也能获得声音的启示，或者由异象异梦获得启示。犹太先知所获得的启示多属于这种类型。他们听见声音，看见异象，梦见异梦。由于他们缺乏直觉，所以启示只是声音或者异象，至于其中有何深意，他们并不理解。”（《天堂的奥秘》5121）
旧约时代的先知和史威登堡不同，他们是从外在的途径获得神的启示。因为他们缺乏直觉，不能从内在的途径接收神的启示。他们听见声音，看见异象，然后神以灵人为媒介，将当记录的话传到他们耳中。由于他们没有直觉，所以不能领悟启示当中的深义。
“旧约先知的悟性并未开启，他们所说的所写的不过是通过耳朵领受的。他们并不理解其中的内涵，更别说灵义了。”（《详解启示录》624）
“旧约先知记录圣言是藉由神所差来的灵人，灵人将当记录的话传到他们耳中，乃是间接从神而来的真理，不是直接的真理，因为他们对其中每件事物的含义毫无领悟。”（《天堂的奥秘》7055）
“我被告知主是如何向旧约先知说话，通过他们将圣言赐下的。主向他们说话不同于向古人说话，向古人说话是流入他们内在，而向这些先知说话是藉由所差来的灵人。主的神性充满这些灵，通过他们向先知作启示……这些灵甚至自称‘耶和华’。”（《天堂与地狱》254）
为让史威登堡了解旧约圣言是如何“一点一划”被启示出来的，他被允许经历旧约先知的状态。有时灵人被允许向他口授，甚至执引他的手。
“这种情况很少发生，只是让我知道启示也可以用这种方式实现，而且这些手稿已被丢弃。”（《破解圣经》7006）
“在此，我未得允许透露灵人口授的任何信息。这些信息必须删除。我只被允许叙述从神流出的信息，要么是直接从神而来的，要么是神藉着灵人而来的。是直接的还是间接的，我很清楚。”（《破解圣经》1892）
“天使尤其注意到主的圣言所启示的信息。因为此刻，他们看到有多么丰富的信息正以何种方式流入我所书写的文字，而且不仅是流入我所书写的若干文字和文字所表达的观念，在他们看来，仿佛有人正握着我的手书写，且声称他们就是书写的人。通过灵里的念头我觉知，而且是预先觉知，我所写的每个字有多么细微的含义。由此可见，主的圣言字字皆由启示而来。”（《灵界日记》2270，1748年6月10日）